熒光分光光度計在使用時，需要注意開機次序，以保護設備之間不受影響。熒光光譜儀開機順序一般為先開氙燈，然后開儀器主機，后開跟儀器連接的計算機。如此操作的原因在于穩態氙燈是高壓點亮，為了避免瞬問脈沖電流對周圍設備造成影響，需要先開氙燈，等電流穩定后再打開周邊的電腦等設備。關機順序則相反。 熒光定量分析多采用工作曲線法，即以已知量的標準物質，按試樣相同方法處理后，配成一系列標準溶液，測定其相對熒光強度和空白溶液的相對熒光強度；扣除空白值后，以熒光強度為縱坐標，標準溶液濃度為橫坐標，繪制工作曲線；然后將處理后的試樣配成一定濃度的溶液，在同一條件下測定其相對熒光強度，扣除空白值后，從工作曲線上求出熒光物質的含量。
如何選擇熒光分光光度計的濾光片？
在進行發射圖譜掃描分析時，根據斯托克斯定律，設置的激發波長要比發射波長短，例如，激發波長λex=260nm，則發射起始波長應該從大于260nm的波長開始，比如270nm，發射結束波長為870nm。這樣一來，在激發光的2倍波長(520nm)、3倍波長(780nm)處都會出現激發波長的尖銳的倍頻峰，若與熒光光譜峰重疊，將會對測試產生干擾，需選用合適的濾光片將其濾掉。
倍頻峰就是激發光的散射峰，雖然波長掃描到雙倍波長的時候出現，但實際波長卻是激發波長，可以通過增加高通濾光片來去除倍頻峰。高通濾光片一般放在發射處，片上都標明其可以濾除的大波長。也就是說，體系中增加高通濾光片后，比其上所標波長低的光，也包括這些光的二倍波長光、三倍波長光，會被濾掉；而比其所標波長高的光則可以順利通過。
